Дэниел Джексон находит восьмизначный адрес, который можно набрать только в аванпосте древних в Антарктиде, где были найдены вторые Звёздные врата. Адрес позволяет переместиться в далекую галактику Пегас, куда 5-10 миллионов лет назад ушли древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой (Атлантисом). Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Исследователи Атлантиды вынуждены искать новый дом в галактике Пегас.

Деревня атозианцев переживает нападение рейфов. Многие жители забраны на корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей майор Шеппард перемещает на Атлантиду, чем вызывает перегрузку щита и систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на поверхность.

Доктору Бекетту удается привить Родни МакКею ген древних, и тот сразу надевает на себя персональное защитное поле. Во время игры в прятки мальчик-атозианец заблудился в городе и случайно выпустил на свободу древнее энергетическое существо, питающееся электричеством. Высасывая энергию из генераторов, оно становится все больше и больше.

К шее майора Шеппарда присосался инопланетный жук, питающийся жизнью, как и рейфы. Экипаж джампера стремится быстрее вернуться на Атлантиду, чтобы помочь ему, но корабль застревает во вратах. У МакКея есть только 38 минут, чтобы починить джампер, прежде чем врата закроются.

Команда майора Шеппарда, отправляясь на исследование других планет, постоянно натыкается на засады рейфов. Атлантийцы думают, что в городе появился шпион. Основное подозрение падает на атозианцев. У Тейлы находят передатчик рейфов, встроенный в амулет.

Паддл-джампер теряет управление и падает на планету, где люди живут только до 24 лет, а потом приносят себя в жертву. Они уверены, что именно это защищает их от нападения рейфов. МакКей же считает, что причина в силовом поле, окружающем селения, которое поддерживает МНТ.

Ученые планеты Хофф много лет пытаются изобрести вакцину, которая бы делала людей «несъедобными» для рейфов. Беккет помогает усовершенствовать его. Атлантийцы разрешают провести эксперимент с их пленным рейфом. Однако вакцина имеет не просто защитный эффект.

Тейла знакомит атлантийцев с дженаями — простым народом фермеров. Жители Атлантиды пытаются договориться с ними о поставках продовольствия. Но случайно МакКей и Шеппард обнаруживают подземный бункер и узнают, что дженаи гораздо более развитая нация. Подземный город — их защита от рейфов.

Команда Шеппарда обнаруживает планету, покрытую заряженным туманом. Его энергии хватит, чтобы попасть на Землю через врата. Шеппард, Вейр, МакКей, Тейла и Форд отправляются домой, но там они узнают, что у них нет возможности вернуться обратно на Атлантиду, так как космический корабль «Прометей» поврежден. Да и вокруг творятся странные вещи.

На город надвигается шторм. Атозианцы и атлантийцы вынуждены эвакуироваться на другую планету. У МакКея и Зеленки есть план, как защитить город. МакКей, Вейр и Шеппард остаются на Атлантиде, чтобы реализовать его. Дженаи, воспользовавшись беззащитностью города, захватывают Атлантиду.

Шторм практически накрыл город. МакКей и Вейр в заложниках у командующего Коли. Шторм на материке на некоторое время стих. Беккет, Тейла и Форд решают вернуться на Атлантиду, чтобы помочь Шеппарду. Майор старается не допустить прибытия в город солдат дженаев.

Шеппард, МакКей и еще двое ученых, обследуя спутник древних, улавливают слабый сигнал бедствия рейфов с ближайшей планеты. Приземлившись, они обнаруживают пустой поврежденный корабль рейфов. Но оказывается, что на борту есть один выживший рейф, очень голодный и во что бы то ни стало желающий убраться с планеты.

Во время осмотра повреждений, нанесенных штормом, двое ученых заражаются неким вирусом. Он вызывает галлюцинации, разрыв сосудов головного мозга, смерть наступает через несколько часов. Город объявляет карантин. МакКей уверен, что следующий он. Беккет пытается решить проблему.

Прыгун Шеппарда спасается от погони. Внезапно стрелы рейфов поражает какая-то энергетическая волна, исходящая с планеты. Атлантийцы предполагают, что это особое оружие, но местные жители уверяют, что рейфы не нападают на них, потому что их планету оберегает богиня Атор.

В одном из отсеков Атлантиды Тейла, Шеппард и Форд находят стазисную кабину с очень старой женщиной внутри. Судя по показаниям, она провела там 10000 лет. Атлантийцы оживляют ее, считая, что она древняя. Однако проснувшаяся женщина сообщает, что она — доктор Элизабет Вейр из параллельного пространства.

Атлантийцы ищут МНТ на одной из планет, указанных в списке старой Вейр. По легенде здесь существовало братство, которое прятало некую вещь, называемую «потентией», которую они получили от древнего. Дорога к ней зашифрована. Дженаи, узнав о появлении атлантийцев, также хотят получить «потентию».

Через 2 недели корабли рейфов долетят до Атлантиды. Атлантийцы хотят отправить письмо на Землю, среди полученных сведений они решают послать и личные сообщения от всех жителей Атлантиды. Шеппард и Тейла в это время застревают на одной из планет, атакуемых рейфами.

Тейле по ночам снятся кошмары, в которых она видит рейфов на Атлантиде. Она пытается разобраться в своей способности предчувствовать приближение рейфов. Беккет, анализируя ее кровь, делает странное открытие: у Тейлы есть ген рейфов.

Атлантийцы эвакуируются из города, но в это время через Звёздные врата на Атлантиду приходит подкрепление с Земли. Полковник Эверетт сообщает, что им надо продержаться несколько дней до прибытия «Дедала». Он приказывает выставить вокруг планеты кольцо из бомб, на все башни города устанавливаются тяжелые батареи.

Рейфы атакуют Атлантиду. Бомбовый щит вокруг планеты сбит метеоритами, посланными рейфами. Шеппард предлагает попросить атомные бомбы у дженаев и послать их на корабль-улей на паддл-джампере, управляя им дистанционно из кресла. МакКей и Зеленка пытаются осуществить это. Рейфы высаживаются на Атлантиду.