Атлантида вынырнула из гиперпространства в неизвестной точке. Луч репликаторов сильно повредил магистральную электропроводку в городе, и потери энергии препятствуют продолжению полета. Пока МакКей и Зеленка пытаются вернуть город в гиперпространство, доктор Келлер изо всех сил борется за жизнь смертельно раненной Элизабет Вейр.

Энергии в МНТ Атлантиды оставалось на считанные часы. Единственным спасением мог стать только новый МНТ. По случайности, мощности джампера как раз хватало, чтобы добраться до планеты репликаторов. На дело отправились Шеппард, МакКей, Вейр и Декс. Элизабет была их козырем, но все понимали, что эту карту могут разыграть и репликаторы.

Земляки Ронана обращаются к атлантийцам с просьбой помочь в атаке на военную базу рейфов. В ходе операции им придется столкнуться с неожиданным врагом.

Во время очередной миссии Шеппард случайно становится носителем некого бестелесного инопланетянина. Гость пытается общаться с атлантийцами через их сны, вот только сны становятся жуткими кошмарами. С Джоном в роли Фредди Крюгера.

Шеппарда пленила очаровательная Ларрин, предводительница расы скитальцев. В отличие от большинства рас Пегаса этот народ решил укрываться от рейфов не на планете, а в космосе — многие поколения сменялись на кораблях, бороздящих галактику. Некоторое время назад они заметили появление новой силы в Пегасе, и их заинтересовало наличие у Джона гена атлантийцев.

Всю Атлантиду поразил вирус, вызывающий потерю памяти. Не затронул он только Ронана и Тейлу. Всем придется объединить усилия, чтобы срочно найти лекарство, пока память не исчезла полностью.

Тейла в компании доктора Келлер отправилась на Новый Атос, куда был переселен ее народ, но теперь таинственно исчез. Там они практически сразу столкнулись с примитивным воинственным народом, от которого приходится спасаться бегством.

Поиск атозианцев приводит Тейлу к человеку, который обладает необычайным провидческим даром. Он не только рассказывает ей, что ее народ жив, хоть и сокрыт тьмой, а будущему Атлантиды угрожают ульи рейфов, летящие к ней. Кроме этого он знает, что Тейла беременна, хоть пока и никому не сказала об этом.

После воссоединения семьи, Родни поддерживал постоянный контакт со своей сестрой, и когда это стало известно не тем людям, Джинни попала в ловушку. МакКей отправился искать ее, но угодил в ту же западню. Они оказались в лаборатории медицинской корпорации, занимавшейся созданием лекарств на основе инопланетных технологий. Президент корпорации решил вылечить свою дочь, смертельно больную лейкемией, с помощью нанитов. Но девочке стало только хуже. Пока МакКей с сестрой занимался их перепрограммированием, на Землю прибыла команда атлантийцев, чтобы участвовать в поисках пропавших товарищей.

Когда неизвестный снаряд неожиданно попадает в Атлантиду, вся команда приходит в ужас, предполагая, что это репликаторы нашли город. Но Шепард понимает, что странности только начинаются.

Команда желает уничтожить асуран раз и навсегда, собирая флот из кораблей-ульев для борьбы вместе с «Дедалом» и «Аполлоном». Не все корабли желают ввязываться в бой, а сама экспедиция пожет привести к событиям вне их контроля.

Команда Атлантиды успешно захватывает корабль-улей, повреждённый в совместной битве против асуран. В процессе, они извлекают критическую информацию которая может помочь им в их непрекращающейся борьбе с рейфами.

Атлантис неожиданно инициирует режим изоляции: все двери заблокированы, радиосвязь не работает, жители маленькими группами отрезаны друг от друга в разных отсеках. Картер и Зеленка застряли транспортере, и Шеппарду с Лорном довольно легко удается освободить их. Для дальнейшего продвижения по городу им приходится задействовать вентиляцию. МакКей не сразу узнает о проблемах, приятно проводя время в ботанической лаборатории своей подруги, Кейти Браун.

На знакомой планете, Шеппард и МакКей соглашаются провести принцессу Хармони к храму, где она сможет стать королевой. Но даже это простое задание усложняется присутствием отряда дженай охотящимся на Гармонию по приказу её сестры.

После смерти отца Шеппарда, он и Ронон возвращаются на Землю чтобы помянуть его, но узнают что случилось кое-что невероятное — на Земле буянит человекоподобный репликатор. Расследовав ситуацию, они понимают что он был нелегально создан земными учёными.

На другой планете, МакКей, Келлер и Картер оказываются запертыми в пещере, без возможности выбраться. Чтобы скоротать долгие часы, это трио пытается узнать друг друга получше.

По просьбе Картер, Тил’к путешествует в Атлантиду чтобы помочь Ронону, когда Международный Комитет начинает ему угрожать. Когда между двумя воинами начинает возникать трение, они узнают что группа рейфов пробралась на космическую станцию Мидуэй и Землю.

Загадочная новая эпидемия охватывает галактику Пегас. Тейла уверена что отец её ребёнка пытается связаться с ней посредством телепатических видений на тему чумы… но виновником видений оказывается старый знакомый экспедиции.

Вся команда в шоке при появлении Карсона Беккетта в одежде Майкла. Но для того чтобы он смог вернуться в Атлантиду, команде придётся провести отчаянную операцию по извлечению друга; но эта операция может оказаться на руку Майклу. Тейла обнаруживает важную информацию о её племени.

Шеппард возвращается с рутинного задания и обнаруживает Атлантиду заброшенной и окружённой песчаными дюнами. Оставшись последним в Атлантиде, он должен узнать причину этого загадочного события.