После того, как доктору Дэниелу Джексону удалось обнаружить адрес Затерянного города Древних, доктор Элизабет Вейр собрала международную экспедицию для его исследования (эти события начинаются еще в "родительском" сериале Stargate SG-1, эпизоды #721-802). Вот только проблемой оказалось, что Атлантис находился в галактике Пегаса, и на Земле был только один источник энергии, способный создать червоточину туда - МНТ (Модуль Нулевой Точки, Zero Point Module - источник питания Древних, черпающий энергию из искуственно создаваемой им области подпространства-времени, самый мощный из всех известных землянам генераторов энергии). Таким образом, изначально предполагалось, что если в Атлантисе не будет найден другой МНТ, то это будет путешествие в один конец. На деле ситуация оказалась еще хуже: все МНТ Атлантиса к моменту прибытия землян уже были истощены, и их энергии не хватало даже для обеспечения жизнедеятельности города, и это при том, что Атлантис находился под водой - силовое поле начало слабеть и затапливать город. Но в самый критический момент, когда поле окончательно разрушилось, город поднялся на поверхность (почему это произошло - #115).
Казалось бы, теперь жизням новых Атлантов ничего не угрожает, но к этому моменту они уже узнали историю Древних. Когда те покинули Млечный Путь, спасаясь от чумы, и прибыли в галактику Пегаса, они начали распространять в ней жизнь. Одной из планет, на которой они запустили эволюцию человеческой формы жизни, стала планета, населенная жуками, которые питались жизненными силами других существ. Эволюция на этой планете пошла по симбиотическому пути, и появилась раса Рейфов, человекоподобных существ, которым для поддержания жизненных сил нужны были люди (или другие Рейфы - #112). Поглощая чужые жизни, Рейфы получали возможность регенерации тканей, а учитывая их способность к впадению в спячку, это означает практически вечную жизнь при наличии достаточного питания. И вот, много тысяч лет назад Рейфы начали войну против Древних, завоевывая населенные планеты галактики Пегаса (основную исходную информацию о Рейфах мы узнаем из #101, #102, #104, #118). В конце концов, единственным незахваченным миром остался Атлантис.
Древние долгие годы находились в осаде, но потом были вынуждены опустить город на дно океана и вернуться на Землю. С тех самых пор Рейфы стали рассматривать планеты галактики как свои пастбища. Периодически они посещают их, устраивая отборы пищи. Между нашествиями же им приходиться впадать в спячку, пока человеческие популяции не разрастутся снова. Когда они узнали, что город Предков снова ожил, и гости прибыли из другой галактики, их основной целью стало завоевание Атлантиса ради того, чтобы узнать путь на Землю. Земляне же постепенно освоились в новом мире. Им удалось выяснить, что большинство планет безропотно живут от нашествия до нашествия в страхе. Один из таких народов, Атозианцев, они спасли, уведя во время отбора их на Атлантис, а позже поселив их на материке той же планеты. Некоторые народы в тайне ведут исследования, как победить Рейфов - к сожалению, ни с кем из них отношения у Атлантов не сложились, а раса Дженаев вообще склонна считать землян своими врагами (#108, #110, #111, #120). На некоторых же планетах удалось все-таки обнаружить МНТ, но по-разным причинам Атлантийцам они не достались. Зато еще один такой модуль тем временем был найден на Земле, в Гизе. Когда МакКею удалось отправить в командных центр Звездных врат зов о помощи, там как раз была закончена война против Гуа'улдов и репликаторов, поэтому новый линейный крейсер Земли, Дедал, прилетел в галактику Пегаса, чтобы помогать Атлантам в борьбе с Рейфами. Он же привез в Атлантис МНТ.
Но все это только начало истории. Впереди атлантийцев ждут разнообразные приключения, новые друзья и новые враги - некоторых из которых они создадут сами. Будут в их жизнях и горькие потери, и радостные моменты - все как в обычной жизни, только декорациями станут далекая галактика Пегас и город, где когда-то жила загадочная раса Древних...

Главные герои сериала:

*доктор Элизабет Вейр - специалист по переговорам, глава экспедиции

*полковник Саманта Картер - глава экспедиции, назначенная на смену д-ру Вейр 

*майор/подполковник Джон Шеппард - командующий военным контингентом Атлантиса

*доктор Родни МакКей - обладатель нескольких ученых степеней по разным наукам, почти гений

*доктор Радек Зеленка - одаренный ученый-чех

*доктор Карсон Бекетт - главный врач экспедиции

*доктор Дженнифер Келлер - главный врач экспедиции, сменившая д-ра Бекетта 

*Тейла Эммаган - лидер Атозианцев, присоединившаяся к команде Шеппарда

*Ронон Декс - бывший военный одного из миров галактики Пегаса, уничтоженного Рейфами

*лейтенант Эйден Форд - молодой парень-военный с тяжелой судьбой

*полковник Стивен Колдвелл - командующий Дедала, линейного крейсера Земли

*майор Эван Лорн - правая рука Шеппарда